[BioC] Plotting per base coverage from genomecoveragebed utility

VG gupta567varun at gmail.com
Thu Apr 24 18:58:57 CEST 2014


HI Everyone,

I have a 3 coiumn tab delimited file(See attached). I want to draw a
histogram for this file where my x axis should have nucleotide
position(column 2) and y axis should represent the read counts(3rd column)
at that nucleotide position.

Also I want to additionally add to the graph domain locations(see attached
graph).

How can i do that. I am beginner in R and bioconductor.


Domain location = 715-777 (pink boxes in the graph)

Thanks
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f11r	1	0
f11r	2	1
f11r	3	2
f11r	4	2
f11r	5	2
f11r	6	2
f11r	7	2
f11r	8	2
f11r	9	2
f11r	10	2
f11r	11	2
f11r	12	2
f11r	13	3
f11r	14	3
f11r	15	4
f11r	16	4
f11r	17	4
f11r	18	4
f11r	19	4
f11r	20	4
f11r	21	4
f11r	22	4
f11r	23	4
f11r	24	4
f11r	25	4
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f11r	28	4
f11r	29	4
f11r	30	4
f11r	31	3
f11r	32	4
f11r	33	4
f11r	34	3
f11r	35	3
f11r	36	4
f11r	37	4
f11r	38	5
f11r	39	5
f11r	40	5
f11r	41	5
f11r	42	6
f11r	43	6
f11r	44	8
f11r	45	8
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f11r	48	8
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f11r	625	48
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