[BioC] RV: wgcna

[Martinez.Raquel]

===================================================
Raquel Martínez García
Tlfn: (+34) 91 224 69 00 (ext 3015)
e-mail: rmartinezg at cnio.es   
Unidad de Investigación Clínica de Tumores Digestivos///Gastrointestinal Cancer Clinical Research Unit
Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas
C.P.: 28029                Zip Code: 28029
C/. Melchor Fernández Almagro, 3    Madrid (Spain)
===================================================




-----Mensaje original-----
De: Martinez.Raquel
Enviado el: mié 06/07/2011 16:47
Para: bioconductor at staz.math.ethz.ch
Asunto: wgcna
 
Hi,

I have an error with modulePreservation (WGCNA package). Does anyone know what happens??
The error is below.


Thanks
Raquel


multiExpr = list(A = list(data=t(badea)),B = list(data=t(mayo))) 
# two independent datasets. dim = 13447 x 36) 
mp = modulePreservation(multiExpr,multiColor,referenceNetworks=1,verbose=3,networkType="signed",nPermutations=2,maxGoldModuleSize=100,maxModuleSize=400)
  ..checking data for excessive amounts of missing data..
     Flagging genes and samples with too many missing values...
      ..step 1
     Flagging genes and samples with too many missing values...
      ..step 1
  ..unassigned 'module' name: grey 
  ..all network sample 'module' name: gold
  ..calculating observed preservation values
  ..calculating permutation Z scores
 ..Working with set 1 as reference set
 ....working with set 2 as test set
  ......working on permutation 1
  ......working on permutation 2
Error en zAll[, stat] = z : 
  número de items para para sustituir no es un múltiplo de la longitud del reemplazo


===================================================
Raquel Martínez García
Tlfn: (+34) 91 224 69 00 (ext 3015)
e-mail: rmartinezg at cnio.es   
Unidad de Investigación Clínica de Tumores Digestivos///Gastrointestinal Cancer Clinical Research Unit
Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas
C.P.: 28029                Zip Code: 28029
C/. Melchor Fernández Almagro, 3    Madrid (Spain)
===================================================



**NOTA DE CONFIDENCIALIDAD** Este correo electrónico, y en su caso los ficheros adjuntos, pueden contener información protegida para el uso exclusivo de su destinatario. Se prohíbe la distribución, reproducción o cualquier otro tipo de transmisión por parte de otra persona que no sea el destinatario. Si usted recibe por error este correo, se ruega comunicarlo al remitente y borrar el mensaje recibido.
**CONFIDENTIALITY NOTICE** This email communication and any attachments may contain confidential and privileged information for the sole use of the designated recipient named above. Distribution, reproduction or any other use of this transmission by any party other than the intended recipient is prohibited. If you are not the intended recipient please contact the sender and delete all copies.



**NOTA DE CONFIDENCIALIDAD** Este correo electrónico, y en su caso los ficheros adjuntos, pueden contener información protegida para el uso exclusivo de su destinatario. Se prohíbe la distribución, reproducción o cualquier otro tipo de transmisión por parte de otra persona que no sea el destinatario. Si usted recibe por error este correo, se ruega comunicarlo al remitente y borrar el mensaje recibido.
**CONFIDENTIALITY NOTICE** This email communication and any attachments may contain confidential and privileged information for the sole use of the designated recipient named above. Distribution, reproduction or any other use of this transmission by any party other than the intended recipient is prohibited. If you are not the intended recipient please contact the sender and delete all copies.



**NOTA DE CONFIDENCIALIDAD** Este correo electrónico, y en su caso los ficheros adjuntos, pueden contener información protegida para el uso exclusivo de su destinatario. Se prohíbe la distribución, reproducción o cualquier otro tipo de transmisión por parte de otra persona que no sea el destinatario. Si usted recibe por error este correo, se ruega comunicarlo al remitente y borrar el mensaje recibido.
**CONFIDENTIALITY NOTICE** This email communication and any attachments may contain confidential and privileged information for the sole use of the designated recipient named above. Distribution, reproduction or any other use of this transmission by any party other than the intended recipient is prohibited. If you are not the intended recipient please contact the sender and delete all copies.