<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:SimSun;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:SimSun;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:"\@SimSun";
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:Verdana;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=EN-GB link=blue vlink=purple>

<div class=WordSection1>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";
color:black'>I'm trying to overlay coverage plots of individual chromosomes
from different experiments to get a quick overview of probable CNVs. I've tried
using simple plot, ggplot and plotrix packages of R (and I'm a real novice in
R) but it seems that my linux machine with 64GB of memory is unable to handle
the task. I've also reduced my file size by putting only the coordinates and
the coverages derived from samtools pileup into a single file. <br>
<br>
My understanding is that I should be able to plot the coverage of a single chromosome
with the bioconductor package but is it possible to overlay multiple plots
using the package? I’ll be really grateful if someone can advice on the
way to do this.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";
color:black'><o:p> </o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";
color:black'>Thank you.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";
color:black'><o:p> </o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";
color:black'>Zen<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

</body>

</html>