[Bioc-devel] Problem with champ.load (Package ChAMP)

Mohammad Tanvir Ahamed mashranga at yahoo.com
Thu Mar 30 05:58:44 CEST 2017


Hi, 


I am writing the following command and get the following error.
Can you please look into the issue ? 

> testDir=system.file("extdata",package="ChAMPdata") 
> myLoad <- champ.load(testDir,arraytype="450K") 
[===========================] 
[<<<< ChAMP.LOAD START >>>>>] 
----------------------------- 
Loading data from C:/Program Files/R/R-3.4.0alpha/library/ChAMPdata/extdata 
[read.metharray.sheet] Found the following CSV files: 

[1] "C:/Program Files/R/R-3.4.0alpha/library/ChAMPdata/extdata/lung_test_set.csv" 
Loading required package: IlluminaHumanMethylation450kmanifest 
<< Read DataSet Success. >> 

The fraction of failed positions per sample 

(You may need to delete samples with high proportion of failed probes 
): 
Failed CpG Fraction. 
C1        0.0013429122 
C2        0.0022162171 
C3        0.0003563249 
C4        0.0002842360 
T1        0.0003831007 
T2        0.0011946152 
T3        0.0014953286 
T4        0.0015447610 
Filtering probes with a detection p-value above 0.01 in one or more samples has removed 2728 probes from the analysis. If a large number of probes have been removed, ChAMP suggests you to identify potentially bad samples. 
<< Filter DetP Done. >> 

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
unable to find an inherited method for function 'assayData' for signature '"RGChannelSetExtended"' 
> 

> sessionInfo()

R version 3.4.0 alpha (2017-03-28 r72427) 
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200) 

Matrix products: default 

locale: 
[1] LC_COLLATE=Bangla_Bangladesh.1252  LC_CTYPE=Bangla_Bangladesh.1252    LC_MONETARY=Bangla_Bangladesh.1252 
[4] LC_NUMERIC=C                      LC_TIME=Bangla_Bangladesh.1252 

attached base packages: 
[1] splines  stats4    parallel  stats    graphics  grDevices utils    datasets  methods  base 

other attached packages: 
[1] IlluminaHumanMethylation450kmanifest_0.4.0 ChAMP_2.6.0 
[3] IlluminaHumanMethylationEPICmanifest_0.3.0 Illumina450ProbeVariants.db_1.11.0 
[5] DMRcate_1.11.2                            DMRcatedata_1.10.1 
[7] DSS_2.15.0                                bsseq_1.11.0 
[9] FEM_3.3.1                                  graph_1.53.0 
[11] org.Hs.eg.db_3.4.0                        impute_1.49.0 
[13] igraph_1.0.1                              corrplot_0.77 
[15] marray_1.53.0                              limma_3.31.19 
[17] Matrix_1.2-9                              AnnotationDbi_1.37.4 
[19] ChAMPdata_2.6.0                            minfi_1.21.5 
[21] bumphunter_1.15.0                          locfit_1.5-9.1 
[23] iterators_1.0.8                            foreach_1.4.3 
[25] Biostrings_2.43.6                          XVector_0.15.2 
[27] SummarizedExperiment_1.5.7                DelayedArray_0.1.7 
[29] matrixStats_0.51.0                        Biobase_2.35.1 
[31] GenomicRanges_1.27.23                      GenomeInfoDb_1.11.9 
[33] IRanges_2.9.19                            S4Vectors_0.13.15 
[35] BiocGenerics_0.21.3 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] R.utils_2.5.0                                      IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19_0.6.0 
[3] RSQLite_1.1-2                                      htmlwidgets_0.8 
[5] trimcluster_0.1-2                                  grid_3.4.0 
[7] BiocParallel_1.9.5                                  munsell_0.4.3 
[9] codetools_0.2-15                                    preprocessCore_1.37.0 
[11] statmod_1.4.29                                      colorspace_1.3-2 
[13] fastICA_1.2-0                                      BiocInstaller_1.25.3 
[15] knitr_1.15.1                                        robustbase_0.92-7 
[17] JADE_2.0-0                                          isva_1.9 
[19] GenomeInfoDbData_0.99.0                            biovizBase_1.23.2 
[21] diptest_0.75-7                                      R6_2.2.0 
[23] doParallel_1.0.10                                  illuminaio_0.17.0 
[25] clue_0.3-53                                        flexmix_2.3-13 
[27] bitops_1.0-6                                        reshape_0.8.6 
[29] assertthat_0.1                                      IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19_0.6.0 
[31] scales_0.4.1                                        nnet_7.3-12 
[33] gtable_0.2.0                                        methylumi_2.21.0 
[35] sva_3.23.0                                          ensembldb_1.99.12 
[37] genefilter_1.57.0                                  rtracklayer_1.35.9 
[39] lazyeval_0.2.0                                      acepack_1.4.1 
[41] GEOquery_2.41.0                                    dichromat_2.0-0 
[43] checkmate_1.8.2                                    yaml_2.1.14 
[45] reshape2_1.4.2                                      GenomicFeatures_1.27.10 
[47] backports_1.0.5                                    httpuv_1.3.3 
[49] qvalue_2.7.0                                        Hmisc_4.0-2 
[51] tools_3.4.0                                        nor1mix_1.2-2 
[53] ggplot2_2.2.1                                      RColorBrewer_1.1-2 
[55] DNAcopy_1.49.1                                      siggenes_1.49.0 
[57] Rcpp_0.12.10                                        plyr_1.8.4 
[59] base64enc_0.1-3                                    zlibbioc_1.21.0 
[61] purrr_0.2.2                                        RCurl_1.95-4.8 
[63] BiasedUrn_1.07                                      rpart_4.1-11 
[65] openssl_0.9.6                                      viridis_0.4.0 
[67] cluster_2.0.6                                      magrittr_1.5 
[69] data.table_1.10.4                                  goseq_1.27.0 
[71] mvtnorm_1.0-6                                      wateRmelon_1.19.3 
[73] whisker_0.3-2                                      ProtGenerics_1.7.0 
[75] missMethyl_1.9.1                                    RPMM_1.25 
[77] mime_0.5                                            xtable_1.8-2 
[79] XML_3.98-1.5                                        mclust_5.2.3 
[81] gridExtra_2.2.1                                    compiler_3.4.0 
[83] biomaRt_2.31.4                                      tibble_1.2 
[85] R.oo_1.21.0                                        htmltools_0.3.5 
[87] mgcv_1.8-17                                        Formula_1.2-1 
[89] tidyr_0.6.1                                        DBI_0.6 
[91] geneLenDataBase_1.11.0                              MASS_7.3-47 
[93] fpc_2.1-10                                          permute_0.9-4 
[95] quadprog_1.5-5                                      R.methodsS3_1.7.1 
[97] Gviz_1.19.3                                        RefFreeEWAS_2.1 
[99] GenomicAlignments_1.11.12                          registry_0.3 
[101] foreign_0.8-67                                      plotly_4.5.6 
[103] annotate_1.53.1                                    rngtools_1.2.4 
[105] pkgmaker_0.22                                      multtest_2.31.0 
[107] beanplot_1.2                                        ruv_0.9.6 
[109] doRNG_1.6                                          stringr_1.2.0 
[111] VariantAnnotation_1.21.17                          digest_0.6.12 
[113] base64_2.0                                          htmlTable_1.9 
[115] dendextend_1.5.2                                    kernlab_0.9-25 
[117] shiny_1.0.0                                        Rsamtools_1.27.13 
[119] gtools_3.5.0                                        modeltools_0.2-21 
[121] nlme_3.1-131                                        jsonlite_1.3 
[123] viridisLite_0.2.0                                  BSgenome_1.43.7 
[125] lattice_0.20-35                                    httr_1.2.1 
[127] DEoptimR_1.0-8                                      survival_2.41-2 
[129] GO.db_3.4.0                                        interactiveDisplayBase_1.13.0 
[131] shinythemes_1.1.1                                  prabclus_2.2-6 
[133] class_7.3-14                                        stringi_1.1.3 
[135] AnnotationHub_2.7.14                                latticeExtra_0.6-28 
[137] memoise_1.0.0                                      dplyr_0.5.0 
> 



 Tanvir Ahamed 
Göteborg, Sweden  |  mashranga at yahoo.com 

   
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