[Bioc-devel] Collision with generic function "seed" in DelayedArray.

[Janssen-10, R.R.E.]

Dear all,

Users of our package report an error every now and then when running NMF [1].  The error looks like this:
Error: NMF::nmf - 100/100 fit(s) threw an error.
# Error(s) thrown:
  - run #1: unused arguments (model = list(model = "NMFstd", rank = 5, target = 0), method = "random")

Which is similar to the issue posted here:
https://github.com/renozao/NMF/issues/85

It seems both DelayedArray and NMF set a generic function for "seed".

To reproduce the problem, we can do this:
library(NMF) # sets generic for 'seed'.
library(DelayedArray) # overrides generic for 'seed'.
nmf(...)

We call the function "nmf" inside our package (MutationalPatterns).  Should we therefore add the following to our code?:
orig_seed <- getGeneric("seed")
setGeneric("seed", NMF::seed)
nmf(...)
setGeneric("seed", orig_seed)

.. just to eliminate the potential problem of having the wrong "seed" generic?
Or could we avoid the collision in DelayedArray by using a different name than "seed"?

Thanks for your time.

Kind regards,
Roel Janssen

[1]: https://cran.r-project.org/web/packages/NMF/index.html

------------------------------------------------------------------------------

De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.

Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.

------------------------------------------------------------------------------

This message may contain confidential information and is...{{dropped:11}}