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## NEWS to package RFLPtools
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## Version 2.0
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- update of CITATION file as requested by CRAN


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## Version 1.9
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- checked and updated links, replaced ftp links
- update of email address of Alexandra


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## Version 1.8
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- Update of Author fields in DESCRIPTION file
- Corrected wrong link to BLAST in vignette


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## Version 1.7
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- Restructering of the package, adapting to the newest version of R
- DESCRIPTION file: moved packages from Depends to Imports
- Updated CITATION file
- Switched from MKmisc to MKomics


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## Version 1.6
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- added reference Flessa et al. (2013) to man files.
- added some further checks for function input.
- functions RFLPdist and RFLPdist2ref obtained an argument LOD for handling 
  values below some given limit of detection (LOD).
- new example datasets refDataGerm and newDataGerm taken from the GERM
  software
- added function germ which represents an implementation of the Good-Enough 
  RFLP Matcher (GERM) program.
- added function FragMatch which represents an implementation of the FragMatch
  program.
- added function simulateRFLPdata to simulate RFLP data.


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## Version 1.5
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- update of vignette
- extension of function RFLPdist2: additional option that missing bands
  occur only below a specified LOD
- new function RFLPcombine to combine RFLP datasets
- new function RFLPlod to remove bands below a given limit LOD
- more flexible arguments for functions RFLPplot and RFLPrefplot


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## Version 1.4
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- correction of some minor bugs
- added function linCombDist to compute a linear combination of distances
- introduced vignettes folder
- updated affiliations in vignette and added some explanations regarding the 
  use of NCBI BLAST
- added option "sep" to function "read.blast".


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## Version 1.3
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- added function diffDist for distance matrix computation based on
  successive differences

  
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## Version 1.2
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- RFLPplot and RFLPrefplot gained argument "colBands" to specify color(s) for 
  the plotted bands.
- added reference to recent article
- in examples now use of simPlot instead of corPlot, hence requires package
  MKmisc version 0.8

  
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## Version 1.1
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- added NEWS file
- some examples simplyfied to reduce check-time
- added warnings for BLAST datasets for the case that there are subject.ids 
  which do not occur as query.ids
- extended vignette and package Rd-file by RFLPplot and RFLPrefplot examples


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## Version 1.0
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- start of implementation, first version on CRAN